2019年10月9日，单细胞转录组再等Nature。题为Decoding human fetal liver haematopoiesis的研究，对受孕后4周至17周的人胚胎肝脏、卵黄囊、肾脏和皮肤组织的单细胞转录组数据进行分析，构建了完整的人胚胎造血和免疫系统发育图谱。（https://www.nature.com/articles/s41586-019-1652-y）
单细胞转录组之前是跟常规转录组一起开课的，但后来因为涉及内容多，也需要更专业的讲解，8月份第一次单飞独自开课，邀请中科院单细胞分析算法开发博士倾力授课，一鸣惊人，取得了很好的效果。
现于2019年11月29日-2019年12月1日在北京鼓楼推出《单细胞转录组数据整合分析第二期》专题培训，在第一期基础上进一步精进提高，适合研究临床、动物、植物的科研工作者参加。
如果时间等不及，可以参加我们的线上视频课程，随时加入，随时开始。（购买之前联系我们，更有办法获得本次课程更新的视频）
课程简介本课程一共3天，每天6节课，共18节课，全部课程均理论与实战结合(只要课上讲的都是可以带你自己实现的分析)。从分析平台搭建、Linux和R基础、图表解读和实战、单细胞转录组设计、分析标准流程、单细胞分型 (Cellranger, Seurat3, Scater, Monocle3, Scran)，Marker基因鉴定，Pseudo-time分析，单细胞整合分析（CCA，Seurat Anchor, label transfer, ）及功能富集分析及各类高级分析(WGCNA、通路图绘制等)，和CNS级图片修改排版。3天时间，老司机带您完成自学需要3个月甚至是1年的崎岖之路，助力您真正玩转单细胞转录组分析。
课程大纲每节课1小时一个主题，理论结合实战，学懂原理，实战实操，全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排，如11代表第一天第一节课，26代表第二天第六节课，41为两周后的线上集中视频答疑。
编号主题简介11单细胞转录组特点介绍注意事项12单细胞转录组分析环境搭建Win/Linux13二代三代测序原理介绍建库测序过程及注意事项14单细胞数据预处理原始数据到表达矩阵15基因富集分析和可视化GSEA富集分析16文章常见图表解读和Illustrator制作CNS标准图版21单细胞数据质控细胞基因筛选22单细胞数据降维可视化PCA，tSNE，umap23单细胞数据分型Kmeans，层级聚类，graph-based method24可视化、分型实战Seurat325Marker基因鉴定Seurat3, Scran26基于知识和常规转录组细胞类型定义31单细胞发育轨迹分析Paga, Monocle332单细胞数据整合分析高级分析, mnnCorrect, Seurat Anchor33单细胞数据影响因素鉴定批次校正, Seurat Anchor34圆桌论坛自评学习效果、知识点回顾41答疑-线上答疑、考试内容串讲
教程内容简介如下：
单细胞转录组技术介绍
单细胞转录组学研究技术介绍
单细胞转录组学实验设计和测序原则、注意事项
二代、三代测序过程和原理解析
单细胞转录组学文章案例分析
目标基因GSEA/GO富集分析
单细胞转录组分析
单细胞数据预处理和校正
细胞分型，PCA, TSNE, SC3聚类 (Seurat3, Monocle3, Scater)
单细胞发育演化分析
转录组常见图形在线绘制
单细胞Marker基因鉴定，差异分析和功能分析
单细胞数据整合分析、批次校正
单细胞数据可视化绘制和理解单细胞分析常见图形
生信基础知识Linux/Windows下Rstudio和Linux命令的使用
Linux/Windows下转录组分析流程的搭建
生物学家必要掌握的Shell和R语言基础知识。
(如果基础薄弱，报名付款成功后，可免费领取基础程序课，做好准备工作, 让程序成为我们的得力工具而不是学习新知识的绊脚石。)
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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（二）- 实验平台
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三）- 原始数据质控
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（四）- 文库拆分和细胞鉴定
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（五）- STAR, Kallisto定量
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（六）- 构建表达矩阵，UMI介绍
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（七）- 导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（八）- Scater包输入导入和存储
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（九）- Scater包单细胞过滤
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（十）- Scater基因评估和过滤
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（十一）- Scater单细胞表达谱PCA可视化
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（十二）- Scater单细胞表达谱tSNE可视化
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定制内容如果您看到文章中有哪些图或分析工作需要重现，也请提出，一起讲述。
如果您有其它关注的问题，也请报名时提出，把这次课程变成您的定制讲解。
主讲教师陈同，博士，2015毕业于中科院遗传与发育生物学研究所，生物信息专业博士，在Cell Stem Cell(IF=23.2，第一作者兼封面文章)，Nucleic Acids Research，Stem Cells and Development等高水平杂志以第一作者或主要作者发表文章，运营有数万人关注的《生信宝典》微信公众号，给你不一样的学习生信体验。
刘永鑫，博士。2008年毕业于东北农大微生物学专业。2014年中科院遗传发育所获生物信息学博士学位，2016年博士后出站留所工作，任宏基因组学实验室工程师，目前主要研究方向为宏基因组学数据分析与可重复计算。发表论文10余篇，SCI收录7篇，NBT和Science各一篇。2017年7月创办“宏基因组”公众号，目前分享宏基因组、扩增子原创文章185篇，关注人数5万+，累计阅读千万次。
授课模式本课程以讲解流程和实际操作为主，采用独创四段式教学，封装好的代码全部分享，随处可用：
第一阶段 3天集中授课；
第二阶段 自行练习2周；
第三阶段 在线直播答疑；
第四阶段 培训视频继续学习；
实现教-练-答-用四个环节的统一协调。
培训时间2019-11-29 到 2019-12-1 (线下讲解实战)
每天早9点到晚6点，半封闭式教学 (最后1小时为集中讨论时间，最后一天会稍微提前一些，多留出时间讨论，也方便老师乘车返回)
报到时间：开课当天
授课地点北京市西城区鼓楼附近
课程价格截止 2019-11-10 4500 元/人
名额有限，每次课程报名满40人后自动关闭报名通道 （老学员不受限）
提供易汉博基因科技实习机会或工作机会
课程福利座位按报名并缴费或预付款成功顺序从前到后龙摆尾式排序
赠送程序基础课一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)
多人 (N，10>N>1) 组团报名并同时缴费，每人还可减免N-1百元 (最高500)
赠送金士顿U盘一个（32G含培训数据和脚本）
附推荐语分享对应的招生信息到朋友圈，截图发到train@ehbio.com 可获得200元生信宝典腾讯课堂课程优惠券（可拆分供多个课程使用）
注意事项 *
需自备笔记本电脑，推荐使用win10系统（MAC也可），4G以上内存(推荐8G)。
课程实践根据需要会提供云计算平台
培训班所有数据，文档为内部资料，仅供参阅，未经允许不得翻印外传登刊
上课期间禁止录音，录像
成功付款的学员，若临时有紧急事情不能到来的，可申请延期，更换后续培训班；
也可申请退款
若临时有事不能参加，请提前联系。
开课前两周退报，预付款全退。
开课前两周内，预付款退800元，开课前一周内，预付款退500，开课前两天，预付款不退。
不可先延期再退款
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